Pada 26 April 1974, Abu Bakar selaku Ketua Dewan Pemuda PAS meninggalkan parti PAS apabila PAS di bawah Dato Mohd Asri bin Haji Muda menyertai Barisan Nasional pada 1974. Kemudian beliau dipecat oleh PAS kerana membuat keputusan yang bercanggah dengan keputusan parti. [3] Beliau tidak melompat parti, sebaliknya kembali ke pangkuan PAS di penghujung usianya.[4] Ramai juga pemimpin PAS tidak bersetuju dengan keputusan jawatankuasa tatatertib PAS Pusat memecat Abu Bakar Hamzah. Bagi mereka, tindakan yang dibuat oleh Abu Bakar Hamzah tidak bertentangan mahupun merugikan parti.[5]

Sekembali dari Universiti Kent, beliau diterima semula ke dalam parti pada Februari 1983 dan dilantik sebagai Jawatankuasa Agung PAS pada 1983 tanpa kehadirannnya di bawah pimpinan Haji Yusuf Rawa. 1985 beliau bertanding menentang Haji Yusuf Rawa selaku Presiden PAS dan Naib Presiden, tetapi kedua-duanya kalah. Ekoran kekalahannya itu, beliau mengupas permasalahan PAS dan disiarkan dalam majalah tabloid sekitar 1980-an.[6]

Beliau membangkitkan “pemimpin buta al-Quran” yang merupakan gagasan awal terhadap perlunya 'kepimpinan Ulama’. Dalam Mesyuarat Agung Tahunan PAS ke-17 dan 18 di Kangar pada 1968, Ustaz Jaiz Anwar terpilih sebagai Ketua Dewan Pemuda PAS Pusat.[7] [8]